Naast een beleidsmatige verantwoording kennen alle GSB II-regelingen een financiële verantwoording. De financiële verantwoording van de afzonderlijke regelingen wordt niet meegenomen in het grotere kader van de eindverantwoording over GSB II. Deze is puur beleidsmatig. Toch dóet het grotestedenbeleid wel iets met de financiële verantwoording om de administratieve lasten voor de steden te verminderen. Dit is het traject harmonisering van de financiële verantwoording.

Daarnaast beheert BZK zelf een viertal regelingen in het kader van GSB II, namelijk de Bijdrageregelingen Sociale integratie en veiligheid G25, Digitale Trapvelden, Leefbaarheid partiële GSB-steden en de Digitale Broedplaatsen. Op 15 juli 2005 moeten de bijdrageregelingen Sociale Integratie en Veiligheid G25 (SIV), Leefbaarheid Partiële GSB-steden en Digitaal Trapveld  financieel worden verantwoord.