Het tweede paarse kabinet kende een groot gewicht toe aan de stedelijke problematiek. De steden kregen een ‘eigen’ minister en dus een stem in de ministerraad. In 1998 startte Roger van Boxtel als minister voor Grote Steden- en Integratiebeleid. Het kabinet trekt in deze tweede GSB-periode in totaal tot en met 2003 circa 10,3 miljard Euro uit voor het Grotestedenbeleid waarvan bijna 1,6 miljard Euro extra beschikbaar is gekomen bij de kabinetsformatie en daarna. Daarnaast is er in deze periode circa 130 miljoen Euro dat Nederlandse steden ontvangen vanuit Europa, om de ergste achterstanden in de steden te verhelpen en vernieuwend beleid te bedenken.

Drie pijlers
De visie van de rijksoverheid op de grote steden resulteerde in een aanpak verdeelt over drie ‘pijlers’: werk en economie, fysiek en sociaal. Binnen en tussen de pijlers moet integraal en in ketens worden gedacht en gewerkt. ‘Werk en economie’ richt zich op de versterking van de economische vitaliteit in de stad. ‘Fysiek’ treft voorzieningen om de kwaliteit van de woon-, werk- en leefomgeving te verbeteren. De kwaliteit van de sociale en fysieke leefomgeving, zorg en veiligheid vallen onder ‘sociaal’. De ministers van de meest betrokken ministeries vormden een onderraad om op deze terreinen beter te kunnen samenwerken en afstemmen.

Gedeelde verantwoordelijkheid
Naast de noodzaak voor een integrale, samenhangende aanpak waren er ook andere uitgangspunten die het Grotestedenbeleid verder ontwikkelden. Zoals de notie dat de overheid niet alleen verantwoordelijk is voor het leven in de grote stad. Ook burgers, bedrijven en allerlei maatschappelijke organisaties moeten meewerken en zijn verantwoordelijk voor de staat van de stad. De lokale overheid moet daartoe ‘partnerships’ aan gaan met partijen in de stad. En áls stadsbewoners of organisaties met initiatieven komen, moet de overheid daar goed op inspelen.

Integraal en programmatisch
Een andere manier van werken, dat was de opgave waar de overheid zich voor gesteld zag in de grote steden. Daarom werd voor een integrale en programmatische aanpak gekozen.
Met het Grotestedenbeleid is de zogenaamde ‘ontschotting’ in gang gezet. De aparte hokjes van gemeentelijke diensten en rijksonderdelen moeten worden opengebroken. Problemen dienen in samenhang te worden bekeken: alleen een integrale benadering heeft zin. Niet alleen de verloederde flats opknappen, maar tegelijk ook aandacht besteden aan de sociale noden van de bewoners. En daarbij geldt: inspanningen tellen, maar het gaat om de resultaten in de maatschappij.

Ruimte voor lokale regie
Volgens het Grotestedenbeleid bepalen de steden zelf welke resultaten zij willen bereiken in hun stad, niet de centrale overheid. Steden kennen hun eigen burgers beter. In de stad moet het gebeuren: op het niveau van de buurt of de wijk én samen met bewoners, bedrijven en maatschappelijke organisaties. De verantwoordelijkheid voor de uitvoering van het Grotestedenbeleid is een zaak van de steden. Vooraf en in overleg maken Rijk en steden afspraken over de kaders waarbinnen wordt gewerkt. Het Rijk en de stad gaan een ‘partnership’ aan, waarbij het Rijk de kaders stelt en ondersteunt.

Resultaatgericht
De grote steden stelden een tienjarige stadsvisie op, gebaseerd op een sterkte/zwakte-analyse, die zij vertaalden in zogeheten meerjarige ontwikkelingsprogramma’s, de MOP’s. In deze MOP’s (looptijd: 1999/2000 - 2004) staan de doelstellingen en de wegen waarlangs de steden deze doelstellingen willen bereiken. De MOP’s zijn door het Rijk getoetst, waarna per stad een convenant werd afgesloten. In deze convenanten zijn afspraken vastgelegd over de te behalen resultaten. Aan het eind van deze convenantsperiode moeten de steden hierover verantwoording afleggen.
Om tussentijds te kunnen meten of de beoogde resultaten van het Grotestedenbeleid dichterbij komen, is de ‘GSB monitor’ verder uitgebreid tijdens het tweede paarse kabinet. Kenmerkend voor deze GSB-periode is het vele onderzoek naar de doorwerking van beleid in de steden en analyses naar achterliggende relaties.
 
Leren en kennis delen
Naast het meten van resultaten, zowel kwalitatief en kwantitatief, staat gedurende deze tweede periode ook leren en het delen van kennis hoog op de agenda. Steden hebben weliswaar specifieke problemen, maar kunnen veel van elkaars oplossingen en werkwijzen
leren. Vernieuwend beleid, op de lokale situatie toegespitst, kan alleen ontstaan als steden goed op de hoogte zijn. Een landelijk kenniscentrum voorziet de grote steden inmiddels van succesvolle praktijkvoorbeelden, door bijvoorbeeld ‘best practices’ digitaal aan te bieden. Ook anderen kunnen via het Kenniscentrum Grote Steden gebruik maken van de kennis en ervaring die met het GSB is opgedaan.
Om tussentijds te kunnen verbeteren en inzicht te krijgen in de eigen werkwijze en de resultaten hebben de steden zichzelf geanalyseerd. Dat verhaal werd getoetst door een onafhankelijke visitatiecommissie. Ook het Rijk heeft zichzelf geanalyseerd door onder meer te kijken naar de wijze waarop de convenanten tot stand zijn gekomen. Bovendien is aan vier adviesraden gevraagd om kritisch naar het GSB te kijken en te adviseren over mogelijkheden om te verbeteren.