De methodiek voor de verantwoording stedelijke vernieuwing is opgenomen in de wet
ISV. In het besluit van 14 mei 2001 is een en ander verder uitgewerkt. De verantwoording bestaat uit de volgende onderdelen:
- Verantwoordingsverslag (beleidsmatig) waarin opgenomen een vergelijking van de in het MOP opgenomen gemeentelijke doelstellingen met de bereikte resultaten en een toelichting van de verschillen;
- Verklaring met betrekking tot het kwaliteitszorgsysteem;
- Verslag over de besteding van de verleende voorschotten met daarbij een accountantsverklaring.

In het verantwoordingsverslag zal de gemeente aan moeten geven wat de doelstellingen in het MOP zijn, wat daarvan gerealiseerd is en eventuele verschillen moeten verklaren.
Om een en ander in goede banen te leiden, zijn Rijk en gemeente gezamenlijk bezig zich voor te bereiden op de verantwoording in 2005. Belangrijke elementen in die voorbereiding zijn een identificatie van de doelstellingen in het MOP, het eventueel alsnog SMART maken van die doelstellingen en het definiëren van de doelstellingen waarop de verantwoording zich primair zal richten. Weliswaar moeten in alle gevallen eventuele verschillen verklaard moeten worden maar voor het merendeel van de verschillen kan volstaan worden met een meer algemene verklaring; alleen voor de belangrijkste doelstellingen (de doelstellingen waarop de verantwoording zich primair zal richten) dient de verklaring aan bepaalde eisen te voldoen zoals gedefinieerd worden in een beslisboom. Belangrijk element bij de beoordeling is in hoeverre het niet halen van de doelstellingen is toe te rekenen aan de gemeente.

De volgende producten zijn momenteel gereed dan wel in ontwikkeling:
- AMVB 242 van 14 mei 2001;
- plan van aanpak verantwoording;
- een handleiding kwaliteitszorg ontwikkeld door de G 26;
- beslisboom waarin de beoordelingssystematiek voor de beoordeling van de ISV I verantwoording verder is uitgewerkt;
- een handleiding voor accountants met betrekking tot de accountantsverklaring over het bestedingsverslag;
- een handleiding met betrekking tot de beoordeling van de bodemmodule.
Deze producten zullen de gemeente tijdig ter hand worden gesteld.

De steden leveren per 1 juli 2005 hun verantwoording over ISV I aan. De steden verantwoorden zich via het beleidsmatige verantwoordingverslag over:
- een aantal outputindicatoren (nummer 5, 6 en 7 uit de factsheet; zie MOP-verantwoording onder verwijzingen);
- over doelbereik van alle stedelijke prestaties in het kort binnen de kolom stedelijke - vernieuwing zoals opgenomen in de MOP’s;
- en over een selectie van 10 tot 15 stedelijke prestaties, in het bijzonder. Over de selectie van 10 á 15 wordt een nadere verklaring gevraagd.
Het ministerie van VROM is in overleg met de steden om de selectie van 10 á 15 per stad vast te stellen.

De verantwoording over de bestedingen in het kader van BIRK, IPSV sluiten aan bij de verantwoordingssystematiek zoals opgesteld voor het ISV. De verantwoording over IPSV kent een eigen verantwoordingstraject.

Uitgaande van de brede beleidsmatige verantwoordingeisen van ISV1 en overige regelingen, ontbreekt enkel de verantwoording over de outcome-doelstellingen, enkele outcome-indicatoren en procesafspraken binnen de fysieke kolom. Daarover zullen de steden zich aanvullend via de MOP verantwoording middels de factsheet moeten verantwoorden (zie MOP-verantwoording onder verwijzingen).